Kemudian, Fajar mulai memperkuat tim Liga 2 Persiba Balikpapan sejak Februari 2018.
Eks PSIS ini sempat menuai pujian dari pelatih Persiba kala itu, Wanderley Junior.
Saat bersua dengan Sriwijaya FC di Piala Gubernur Kaltim 2018, Fajar hanya kebobolan satu gol setelah berkali-kali mendapat gempuran.
Setelah lepas dari Persiba, Fajar kemudian memperkuat Persik Kediri pada 2019.
Baca Juga: Lirik Lagu 'Tak Ingin Usai' Keisya Levronka, Sedang Trending di Youtube
Catatan baik ditorehkan Fajar saat memperkuat Macan Putih, kala itu Persik Kediri berhasil menjuarai Liga 2 dan promosi ke Liga 1.
Fajar Setya pun cukup berperan penting dalam pencapaian tersebut, lantaran ia tampil cukup gemilang di partai semifinal hingga final Liga 2 bersama Persik.